Im 11. Jahrhundert tritt ein Adelsgeschlecht die politische Bühne, die Grafen von Windbuch, die sich bald die Grafen von Bogen nennen. Ein Zweig stellt den Domvogt von Regensburg und wird zum Hochadel im Reich gezählt. Die Bogener unterhalten gute Beziehungen zum Kaiser, dehnen denen ihr Territorium im Donaugau aus und werden zum gefährlichen Gegenspieler für die Wittelsbacher.

Die politische Lage zwischen dem Reich und Böhmen hatte sich schnell geändert, seit Graf Aschwin von Bogen als Führer des Heerbannes seine Grafschaft gegen die Truppen Böhmenherzog Wratislaw erfolgreich verteidigt. Die böhmischen Premysliden sind im Aufstieg begriffen, seit sie sich mit den Kaisern arrangieren. Die Herzöge konnten ihre Macht stabilisieren, mit der Erhebung in den Königsstand konnten sie ihre herausragende Stellung unterstreichen. Auf Reisseite bauen derweil die Grafen von Bogen ihre Hausmacht aus. Kein Wunder, dass alsbald familiäre Bande geknüpft werden.

Bereit 1094 vermählt such Herzog Bretislav von Böhmen mit der Schwester des Grafen Albert. Umgekehrt heiraten in den Folgejahren böhmische Prinzessinnen in das Haus Bogen ein. Als Heiratsausstattungen kommen Gebiet in Westböhmen an die Bogener, die im Gegenzug an gräfliche Güter in der Grenzmark Cham kommen. Die Premysliden fördern zudem das bogensche Stiftskloster Windbuch nach Kräften, das bald zu großen Besitzungen in Böhmen kommt. Die Bande zwischen beiden Adelsgeschlechtern werden immer enger.

Mai 1142: Wladislaw II. von Böhmen ist in arger Bedrängnis. Er war seinen Vetter Konrad von Znaim im Kampf unterlegen. Prag wurde belagert und drohte in die Hände der Rebellen zu fallen. Böhmen suchte Hilfe beim deutschen König Konrad III., zählte aber mehr auf die Verwandtschaft aus Bayern. Das Aufgebot der Bogener Grafen und des Domvogts von Regensburg zog über Furth nach Pilsen und vereinigte sich dort mit den königlichen Truppen. Bereits am 7. Juni war Prag wieder befreit, die Rebellion war niedergeschlagen.

1192 die Revanche: Graf Albert der III. liegt mit den bayerischen Herzögen in Fehde. Streitpunkt sind die bambergischen Lehen an der Donau und die Regensburger Burggrafschaft. Die Bogener konnten sich auf die böhmische Verwandtschaft verlassen, die in Bayern einrückten und den Herzog in arge Bedrängnis brachten. Nur ein Machtwort des Kaisers rettete den Bayernherzog.

Mit dem Tod des letzten Grafen von Bogen, Albert IV, im Jahr 1242 ändert sich das Machtgefüge auf bayerischer Seite. Die Besitzungen der Grafen von Bogen fallen an die bayerischen Herzöge aus dem Haus Wittelsbach, vorerst auch die Rechte in den böhmischen Landen. Die Wittelsbacher nehmen auch die weiss-blauen Rauten, die heute für Bayern stehen, mit in ihr Wappen auf. Erst nach zähem Ringen, das auch militärisch ausgetragen wurde, verzichteten die Bayern 1271 auf ihre Rechte in Böhmen. Ein besonderes, leider heute beinahe vergessenes Kapitel der bayerisch-böhmischen Geschichte war endgültig zu Ende.